Momir je kidnapovan 29. juna 1999. godine, u Prizrenu, kada je zajedno sa prijateljem muslimanom krenuo da obiđe svoju kuću.
Na Merdaru su i predstavnici Komisije za nestala lica Vlade Republike Srbije Veljko Odalović i Vesna Bošković, a pored tela Momira Milenkovića, biće preuzeta i tela Svetislav Đaka iz Prištine i Mladenović Perka iz Uroševca.